Viikki-Vanhankaupunginlahti on Helsingin laajin luonnonsuojelualue. Se on ollut lintututkijoiden tutkimusaluetta jo 1800-luvun alkupuolella ja ensimmäisen kerran lahtea esitettiin suojeltavaksi vuonna 1914. Alueen kosteikkolinnuista on havaintoja yli 150 vuoden takaa. Systemaattinen linnustonseuranta on aloitettu vuonna 1986.
Suojeltuun kosteikkoalueeseen kuuluvat Säynäs- ja Ryönälahden ruoikkoalueet lampareineen sekä rantametsää, avovesialuetta ja Saunalahti. Alue on mukana Natura 2000- verkostossa sekä lintu- että luontodirektiivin perusteella. Natura-rajaus kattaa myös Purolahden rantaniityt.
Suosittu ulkoilu- ja lintujen tarkkailupaikka, Lammassaari, sijaitsee suojelualueen sisäpuolella, mutta ei ole itse suojeltu.
Suojelualueella pesii vuosittain noin 80 lintulajia ja noin 2000 paria. Monet lajeista kuuluvat EU:n lintudirektiivin suojeltavien lajien luetteloon.
Vesialueilla tavataan eniten heinäsorsia, haapanoita, isokoskeloita, telkkiä ja silkkiuikkuja. Ruoikossa pesivien ryti- ja ruokokerttusen ja pajusirkun lisäksi myös luhtakana, luhtahuitti, viiksitimali ja rastaskerttunen viihtyvät alueella.
Rantapensaikossa pesivät luhtakerttuset ja pensaskertut, tervaleppävaltaisissa lehdoissa satakielet, mustapääkertut ja kultarinnat. Harvinaisimpia pesijöitä ovat olleet pussitiainen ja sitruunavästäräkki.
Vanhankaupunginlahdella levähtää ja ruokailee keväisin ja syksyisin tuhansia muuttolintuja.
ALUEELLA LIIKKUMINEN
Avovesi- ja ruovikkoalueella on liikkuminen kielletty sulan veden aikana. Muualla alueella saa liikkua ulkoiluteitä, luontopolkuja ja polkuja pitkin.
Saunalahden alueella suojelumääräykset kieltävät liikkumisen 1.3.- 30.11. välisenä aikana. Liikkuminen veneellä, moottorikäyttöisillä laitteilla ja ajoneuvoilla on kielletty ympäri vuoden.
KALASTUS
Suojelualueella on kaikkia eläimiä koskeva tappamis-, pyydystys- ja häirintäkielto, joten myös kalastus on kielletty.