Pikku Niinisaari sijaitsee Vuosaaren sataman eteläpuolella. Saaresta kartoitettiin vuoden 2018 lepakkoselvityksessä ainoastaan Helsingin kaupungin omistama alue, joka on noin 15,5 hehtaarin kokoinen. Kyseisellä alueella kasvaa enimmäkseen kuusi- ja mäntymetsää joka on ollut hoitamatta pitkiä aikoja. Selvitysalueen itäosat ovat länsiosia kuivempia ja edustavat tyypillistä saaristossa esiintyvää männikköä, johon paikoin sekoittuu muitakin puulajeja. Alueella on myös merenlahti, jonka pohjoispuolella kasvaa tervaleppää. Kyseinen tervalepikkö oli ehdottomasti koko saaren rehevin ja kostein ympäristö. Koillispuoleisen rannan kalliot ovat karuja ja viettävät paikoitellen jyrkästi mereen. Selvitysalueen eteläisin niemenkärki on merkitty luonnonsuojelualueeksi ja tämän pohjoispuolella sijaitsevat rakennukset ovat selvitysalueen ainoat. Saari sijaitsee avomeren äärellä ja selvitysalueen eteläpuoleiset rannat ovat tuulille ja aallokolle alttiita.
Pikku Niinisaaren selvitysalueella rajattiin luokan II lepakkoalue.. Luokitus perustuu toistuviin havaintoihin viiksisiipoista ja siihen, että alueella havaittiin kolme lajia. Alueen ympäristö ei kaikissa kohdissa ole viiksisiippalajeille erityisen tyypillinen. Lajia saattoi kuitenkin tavata käytännössä missä vain luokan II alueen sisällä. Ranta-alueet jätettiin pääosin rajauksen ulkopuolelle, koska Pikku Niinisaaressa ei havaittu vesisiippoja. Lepakot vaikuttivat muutenkin välttävän avoimia ja valoisia ranta-alueita.
Lajit: Viiksisiippalaji, pohjanlepakko, pikkulepakko